PENERAPAN BIOINFORMATIKA DALAM
BIDANG BUDIDAYA PERAIRAN
Bioinformatika
adalah ilmu yang mempelajari teknik komputasional untuk pengelola dan
menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapam metode-metode
matematika, statistic, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah
biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta
informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topic utama bidang ini meliputi
basis data untuk mengelola informasi biologis , penyejajaran sekuens (sequence
alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun
struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.
Istilah
bioinformatika milai dikemukakan pada pertengahan abad 1980-an untuk mengacu
pada penerapan computer dalam biologi. Namun demikian, penerapam bidang-bidang
dalam bioinformatika seperti pembuatan basis data dan pengembangan algoritma
untuk analisis sekuens biologis sudah dilakukan sejak 1960-an. Berikut adalah
beberapa contih penerapan bioinformatika dalam bidang budidaya:
A. Teknologi ekspresi protein
Produksi protein rekombinan sedang
hangat dalam bidang bioteknologi. Ada berbagai metoda yang dapat dipilih
sebagai sistem ekspresi antara lain pendekatan bakterial, yeast (ragi),
sel insekta maupun transgenik. Banyak produk sebagai contoh hormon,
gonadotropin dan enzym telah digunakan dalam akuakultur. Ekspresi antigen untuk
pengembangan vaksin mewakili pula kegiatan dalam bidang ini.
B. Mikrosatelit, RFLP, Analisis QTL
Teknologi “sidik jari” DNA dan
pemetaan DNA semakin mempermudah perkembangan ilmu dalam akuakultur.
Teknologi tersebut digunakan untuk identifikasi stok, seleksi dalam kegiatan
breeding, dan mengidentifikasi gen yang penting dalam akuakultur seperti
pertumbuhan dan resistensi terhadap penyakit. Pemetaan dan karakterisasi gen
semakin dipermudah dengan adanya teknologi QTL (Quantitative Trait Loci).
C. Vaksin DNA
Kegiatan ini melibatkan pengunaan
DNA untuk mengekspresikan antigen dalam inang sebagai bagian dari proses
vaksinasi. Teknologi ini telah diterapkan dalam skala penelitian
pada rainbow trout dan hasilnya sangat bagus. Ketika di uji tantang
dengan virus IHNV, hampir 100% ikan dengan perlakuan teknologi ini
selamat dan perlakuan kontrol 85-90% mengalami kematian.
D. Chip DNA
Teknologi baru ini mampu menganalisa
ekspresi ribuan gen dalam satu microchip. Teknologi ini berkembang pesat
dan telah diaplikasikan untuk ekspresi gen, pemetaan, penemuan gen, diagnosa
genetik. Dalam akuakultur sudah ada beberapa grup riset yang menggunakan
teknologi ini untuk meneliti ekspresi gen pada ikan.
E. Proteomics
Proteomic adalah ilmu yang
mempelajari sifat protein (tingkat ekspresi, interaksi, modifikasi
setelah translasi dan lainnya) dalam skala besar untuk memperoleh pandangan
jelas dan terintegrasi sebagai contoh untuk mengetahui proses yang menyebabkan
penyakit, meneliti proses-proses dalam sel, networking pada skala protein. Teknologi
ini adalah kombinasi dari elektroforesis “2D” polyacrilamide gel dengan
spektrometer. Ditunjang oleh teknologi komputer untuk mengolah data
dan bioinformatika, teknologi ini menjadi metoda yang cepat dan sensitif
untuk mengetahui karakterisasi protein. Kesimpulannya teknologi ini
bisa mengidentifikasi protein yang dapat berperan untuk penemuan obat,
theurapeutics dan lainnya.
F.
Teknologi
Transgenik
Teknologi transgenik telah digunakan
sejak 1980 dan sekarang berkembang memproduksi makhluk hidup dengan fenotip
yang diinginkan. Dalam bidang akuakultur teknologi ini berguna untuk
meningkatkan laju pertumbuhan ikan; mengatur kematangan gonad, diferensiasi sex
dan sterilitas; meningkatkan resistensi terhadap pathogen; mengadaptasi ikan
terhadap lingkungan baru (freeze resistance!); merubah karakteristik biokimia
dari daging ikan sehingga menciptakan rasa daging yang diinginkan;
mengubah jalur metabolisme sehingga terjadi efisiensi pakan.
SUMBER: http://dendyperdana.blogspot.com/2013/04/penerapan-bioinformatika-dalam-bidang.html
Tidak ada komentar:
Posting Komentar